Network
Setelah kematian Nino Konis Santana pada tahun 1998, Guterres mengambil alih jabatan sekretaris di CDF.
Setelah pengunduran diri presiden Indonesia Soeharto, di kongres Fretilin di Sydney pada bulan Agustus, Guterres menjadi Koordinator Umum Dewan Presiden, yang menggantikan CDF.
Setelah Referendum kemerdekaan Timor Leste 1999, di mana Guterres memberikan suaranya, dia pergi ke kamp pengumpulan untuk para pejuang Falintil pertama di Remexio, kemudian di Aileu, di mana ia tetap tinggal sampai penarikan pasukan Indonesia.
Setelah jalan menuju kemerdekaan bebas, Guterres mengorganisasi pembangunan kembali Fretilin menjadi partai yang demokratis.
Pada Mei 2000, ia mengambil alih kursi kepresidenan Konferensi Nasional Fretilin, dan pada 15 Juli 2001, dia terpilih sebagai Ketua Partai.
Dua bulan kemudian, dia terpilih sebagai Ketua Majelis Konstituante Timor Timur.
Setelah kemerdekaan akhir negara itu pada 20 Mei 2002, di mana Guterres membaca deklarasi pemulihan Republik Demokratik Timor Timur pada tengah malam, Guterres terpilih sebagai Ketua Parlemen.
Dia memegang jabatan ini sampai duduk pertama di Parlemen baru setelah pemilihan 30 Juni 2007.
Pada 2007 dan 2012, Guterres kembali mencalonkan diri sebagai anggota Parlamento Nacional Timor Leste dalam daftar pertama Fretilin. Meskipun masuk ke parlemen, dia tidak bergabung dengan DPR.
Dalam pemilihan presiden pada 9 April 2007, Guterres bersaing untuk Fretilin dalam pemilihan presiden, namun kalah.
