Dan akibatnya keenam dari tujuh sasaran utama tersebut menjadi korban. Sementara Jenderal A.H Nasution yang menjadi target utama luput dari gerakan tersebut. Namun ajudanya yakni Letnan Satu Pierre Andries Tendean harus gugur dalam tugasnya karena mengaku sebagai Jenderal A.H Nasution.
Peristiwa Gerakan 30 September juga diikuti oleh serangkaian pembunuhan maassal diberbagai daerah di Indonesia. Pembunuhan tersebut tidak pernah diungkapkan dalam catatan sejarah baik jumlah, serta prosesnya.
Pada pagi hari, sekitar Pukul 03.00 WIB, pada tanggal 1 Oktober 1965, Komandan Satuan Tugas Pasopati, Letnan Intvantri Dul Arief membentuk Tujuh Pasukan dari Satuan Tugas Pasopati di Lubang Buaya.
Pembentukan pasukan tersebut, ditujukan untuk menculik ketujuh Jenderal. Setelah seluruh pasukan dipersiapkan, pasukan tersebut berangkat menuju target sasaran menggunakan Jit, Truk dan Bus.
Ketujuh regu berangkat menuju daerah Menteng, Jakarta Pusat.
Setelah sampai, pasukan yang ditugaskan utuk menculik Letnan Jenderal Ahmad Yani masuk kedalam pekarangan rumah langsung menuju Tim Pengawal yang menjaga lalu Letnan Jenderal Ahmad Yani muncul.
Pemimpin pasukan segera memberitahu Letnan Jenderal Ahmad Yani bahwa Presiden Soekarno memanggil Beliau untuk menghadap keistana secepatnya.
Kemudian Letnan Jenderal Ahmad Yani meminta izin untuk mandi dan berganti pakaian terlebih dahulu. Namun, hal tersebut ditolak.
Lalu Letnan Jenderal Ahmad Yani memukul salah satu anggota pasukan dan kembali kekamar dan menutup pintu kaca.