Pemberontakan ini dihancurkan dengan brutal oleh penguasa kolonial. Ribuan orang dibunuh dan sekitar 13.000 orang ditahan. Sebanyak 1.308 orang, umumnya kader-kader partai, dikirim ke Boven Digul, sebuah kamp tahanan di Papua.
Beberapa orang meninggal di dalam tahanan. Banyak aktivis politik non-komunis yang juga menjadi tujuan pemerintahan kolonial, dengan alasan menindas pemberontakan kaum komunis.
Pada 1927 PKI dirundingkan terlarang oleh pemerintahan Belanda. Karena itu, PKI kemudian melakukan gerakan bawah tanah.
Rencana pemberontakan itu sendiri sudah dirancang sejak lama. Yakni di dalam perundingan rahasia aktivis PKI di Prambanan. Rencana itu tidak diterima tegas oleh Tan Malaka, salah satu tokoh utama PKI yang mempunyai banyak massa terutama di Sumatra.
Penolakan tersebut membuat Tan Malaka di cap sebagai pengikut Leon Trotsky yang juga sebagai tokoh sentral perjuangan Revolusi Rusia. Walau begitu, beberapa afal yang dibuat PKI justru terjadi sesudah pemberontakan di Jawa terjadi. Semisal Pemberontakan Silungkang di Sumatra.
Baca Juga: HIMAR Kupang Minta Pimpinan Polri Usut Tuntas Kasus Penembakan Oknum Polisi Terhadap Warga Belu
Pada masa awal pelarangan ini, PKI berupaya untuk tak menonjolkan diri, terutama karena banyak dari pemimpinnya yang dipenjarakan. Pada 1935 pemimpin PKI Muso kembali dari pembuangan di Moskwa, Uni Soviet, untuk menata kembali PKI dalam gerakannya di bawah tanah.
Namun Muso hanya tinggal sebentar di Indonesia. Sekarang PKI memperagakan usaha dalam berbagai front, seperti misalnya Gerindo dan serikat-serikat buruh.
Di Belanda, PKI mulai memperagakan usaha di antara mahasiswa-mahasiswa Indonesia di kalangan organisasi nasionalis, Perhimpoenan Indonesia , yang tak lama kemudian telah tersedia di dalam kontrol PKI.